《關于國內旅客運輸服務進項稅抵扣等增值稅征管問題的公告》(公告2019年第31號)規定，從事國內客運服務的旅客，限于與本單位簽訂勞動合同的從業人員，以及被用人單位接受的派遣從業人員從事的國內客運服務。

實踐中，員工與分公司簽訂勞動合同，工資在分公司發放，員工的國內客運服務能否在總公司抵扣增值稅？

一是分支機構就地繳納增值稅。

《人民共和國增值稅暫行條例》(國務院令第134號)規定，總機構和分支機構不在同一縣(市)的，應當分別向當地主管稅務機關申報納稅；經其授權的稅務機關批準，總機構可以向總機構所在地主管稅務機關匯總申報納稅。

與企業所得稅不同，分支機構是增值稅的獨立納稅人。分支機構在當地繳納增值稅的，只能根據其銷售額和可抵扣進項稅額計算分支機構應繳納的增值稅。分支機構當期進項稅額大于銷項稅額的，其差額不能從總機構當期應繳納的增值稅中抵扣。

因此，在分公司就地繳納增值稅的情況下，分公司員工提供的國內客運服務不能在總公司抵扣增值稅。

二、分支機構不當場繳納增值稅。

(一)總公司不在同一縣、市，而是在同一地區。

總公司不在同一個縣市，而是在同一個省，總公司的增值稅如何繳納？

《財政部 關于固定業戶總分支機構增值稅匯總納稅有關政策的通知》稅〔2012〕9號)規定，固定業戶總支機構不在同一縣(市)而在同一省(區、市)內的，經省(區、市政廳(局)、國家稅務局批準，可以由總機構向總機構所在地主管稅務機關申報繳納增值稅。

同一地區的總機構已經審批的，由總機構向總機構所在地主管稅務機關申報繳納增值稅，分支機構無需當場繳納增值稅。總公司申報的銷項稅額實際上是總公司對外銷售總額對應的銷項稅額，可抵扣的進項稅額實際上是總公司共同發生的符合政策要求的對外采購總額對應的進項稅額。

因此，如果總公司在同一地區，總公司向總公司所在地申報繳納增值稅，分公司員工的國內客運服務可以在總公司抵扣。

(二)總公司不在同一地區。

總部不在同一地區。一般情況下，增值稅由總公司在當地繳納。但情況并非絕對如此，有以下例外。

1.總行負責開戶、收款和開具發票。

根據《關于納稅人以資金結算網絡方式收取貨款增值稅納稅地點問題的通知》的規定，納稅人以總公司的名義在各地開立賬戶，通過資金結算網絡向各地購貨方收取銷售款，總公司直接向購貨方開具發票，不屬于《關于企業所屬機構間移送貨物征收增值稅問題的通知》(國稅發〔1998〕137號)規定的收款機構向購貨方開具發票并向購貨方收取貨款的兩種情形之一，取得的應納稅所得額應在總公司所在地繳納增值稅。

根據上述規定，總公司符合上述條件，所有收入均應在總公司所在地繳納增值稅。相應的，分公司發生的各種費用對應的進項稅也要從總公司扣除。

因此，在這種情況下，與總公司收入相匹配的進項稅額(包括分公司員工國內客運服務對應的進項稅額)可以在總公司抵扣。

2.分公司屬于產品售后服務中心，內部研發amp; ampd中心、倉儲中心等。不具備主要生產經營功能，不需要在當地繳納增值稅。

這種情況在實踐中也很常見。為了節約成本，公司設立產品售后服務中心，

這種情況下，這種分支機構只是成本中心，沒有收入，不需要在當地繳納增值稅。與總公司收入相匹配的進項稅(包括分公司員工國內客運服務對應的進項稅)也可以在總公司抵扣。